Podczas prażenia kawy powstają wielopierścieniowe węglowodory aromatyczne (policykliczne węglowodory aromatyczne; w skrócie WWA lub PAH. WWA wykazują silne właściwości genotoksyczne, mutagenne oraz kancerogenne. Im wyższa temperatura i dłuższy czas procesu obróbki termicznej, np.: prażenia, tym większa zawartość policyklicznych pochodnych benzenu w gotowym produkcie.
Kawa dzięki zawartości kofeiny pełni rolę stymulującą. Pobudza organizm, zwiększa sprawność myślenia, znosi zmęczenie psychiczne i fizyczne. Ze względu na swoje właściwości pita jest przede wszystkim rano, często w dużych ilościach. Bezpośredni wpływ kofeiny zaczyna się odczuwać po około połowie godziny.
Już od XVI wieku, kiedy kawę sprowadzono do Europy, budziła ona wiele kontrowersji. Z jednej strony chwalono jej niezwykłe działanie, z drugiej oskarżano o wywoływanie wielu różnych schorzeń, m.in. problemów żołądkowych, zawałów serca, raka i osteoporozy. W XVI-wiecznej Anglii podejrzewano nawet, że istnieje związek między impotencją i spożyciem nowej używki, a już w XVII wieku sprzedawano ją tylko w aptekach, gdyż uważano ją za doskonały lek na wiele schorzeń czy alkoholizm. Krytyka nasiliła się w XIX wieku wraz z rozpowszechnieniem napoju. Coraz częstsze było tzw. „zdenerwowanie kofeinowe”, występujące w efekcie spożycia zbyt dużej ilości kawy.
Badania przeprowadzane w XIX i XX wieku nie zdołały jasno wykazać, do jakich chorób może doprowadzić picie kawy, choć nigdy też nie zaliczano jej do zdrowej żywności. Dopiero w ostatnich dekadach przeprowadzono wiarygodne testy na dostatecznie dużych grupach pacjentów. Mimo to naukowcy wciąż nie są zgodni w kwestii wpływu kawy na zdrowie. Wynika to przede wszystkim z trudności przeprowadzenia pewnych badań. Wymagają one nie tylko dużej liczby osób, ale także właściwego ujęcia niezależnych czynników: zwyczajów żywieniowych, płci, masy, ogólnej kondycji, chorób, poziomu cholesterolu itd.